Multisite leek een mooie manier om de sites te beheren alleen bij het configureren van extra site met een eigen domeinnaam beginnen de problemen,.. niet zichtbaar.
de site draait op een hosting waar ook de andere domeinen bij staan.
zijn er mensen die hier ervaring mee hebben?

Hoeveel website heb je gekoppeld?
Dit zou juist geen probleem mogen zijn. Misschien iets met de instellingen?

1 hoofdsite en twee subsites. In het geval van de subsites werkt het wel als ik deze vervang voor domeinen dan loopt het fout

Je moet ze niet vervangen maar je moet nieuwe koppelen als nieuwe domeinen.

Volgens mij heb ik dat ook gedaan.
Als handleiding heb ik genomen: https://www.wplounge.nl/wordpress-multisite/ een redelijk recent geschreven handleiding

Hoi,

je hebt 1 hoofddomein waar de site op draait en de andere domein(n) moet je als domainpointer instellen bij je hosting.

Groeten Ron