Ik had een website gemaakt en plotseling was de website uit Domain Administration verdwenen. Ik had nog een back up dus leek mij niet heel erg. Nu staat de site nog gewoon in de root, maar is alleen het domein uit domain administration verdwenen. Als ik nu weer het domein aanmaak zegt deze dat het domein reeds bestaat.

Hoe kan ik het domein weer aanmelden en koppelen aan de root op de server?

Je zult de domeinnaam eerst moeten verwijderen uit je root (als je een eigen server of VPS hebt kan dat), en vervolgens kun je de domeinnaam weer opnieuw aanmaken.
Dit kan trouwens ook conflicten geven bij het maken van back-ups.