Ik gebruik een javascript om een eigen lettertype op elke browser te laten werken. Enige waar ik mee zit is dat die in chrome er een plaatje van maakt met alt etc. maar de h2 tag weghaalt. Maar verder in firefox, IE etc. Vervangt hij het wel correct en blijft de "h2" tag staan.

tot hoeverre heeft dit effect op mijn SEO?

Geen effect, de h2 tags blijven in de code intact.
Zolang Google niet actief javascript gaan renderen en dan gaat lezen zal het geen probleem zijn.