Ik heb meerdere domeinen voor het zelfde doel echter linken ze maar naar 1 pagina de hoofd pagina.

Echter als je van domein B komt wil ik een groene style sheet en als je vanuit het hoofddomein komt bijvoorbeeld een Blauwe hoe doe ik dat weet iemand dat?

tja hangt van je cms af welke gebruikt je ?

Geen cms eigen script

Dat kan niet puur met css. Wel met PHP, .NET of JS.

Je moet op beide website's die linken iets meegeven zodat op de hoofdpagina geďdentificeerd kan worden waar de bezoeker vandaag komt.
Denk aan een querystring of het plaatsen van een cookie. De querystring methode is waarschijnlijk het simpelste.
Domein 1 stuurt de bezoeker door naar website.nl?ref=1
Domein 2 stuurt de bezoeker door naar website.nl?ref=2
Vervolgens include je de juiste css file gebaseerd op de ref.

Je kunt eventueel ook de css bstanden opslaan zoals www.domein.nl.css en dan met mod_rewrite een aanroep naar je css bestand rewriten naar www.domain.nl.css op basis van de HTTPD_HOST variable.